第1話 「新しい始まり」 Phoenix Rising
人々が日食を楽しもうとした日、１人の男性が人体自然発火現象（ＳＨＣ）を起こして黒焦げになる。ヘンリーが調べると発火は脳から起きており、新たに別の人物がＳＨＣで焼死する。何かの陰謀ではないかとにらんだカーターは犠牲者２人の接点を探るが、今度はセクション・ファイブで働く研究員が人体発火して命を落とす。カーターは物体Ａが爆発した際に放出された何かに原因があると考えるが、もう１人、スタークにも危機が迫る。
ヘンリーが調べると発火は脳から起きており、新たに別の人物がＳＨＣで焼死する。何かの陰謀ではないかとにらんだカーターは犠牲者２人の接点を探るが、今度はセクション・ファイブで働く研究員が人体発火して命を落とす。カーターは物体Ａが爆発した際に放出された何かに原因があると考えるが、もう１人、スタークにも危機が迫る。
第2話 「ネバー・ギブアップ」 Try, Try Again
スタークに代わってアリソンが研究所の所長になり、コンピューターの再起動のため所内のシステムは一時的に停止する。そんな中、危険なメカである力場発生装置が保管室から盗まれる。
装置はなぜかファーゴの服のポケットに入っていて、ファーゴは思わずスイッチオン。すると彼の周囲に強力な力場が発生し、ファーゴはそこに閉じ込められる。街を覆いかねないほど巨大化していく力場。
タイムリミットまで残された時間は４時間しかない。
第3話 「当たりすぎる予報」 Unpredictable
異常気象に襲われるユーリカ。温かいはずのスパで凍死した遺体が見つかる。犠牲者と妻が不倫していた科学者に疑いがかかるが、視力がほとんどない科学者に犯行は困難そう。
同じ頃、気象予報士ピートはなぜか異常気象をすべて予知していた。カーターにもうひとつの事件が。
それは元妻アビーの訪問。彼女の目的はゾーイの16歳の誕生日を祝うこと、そして１年前のカーターとの約束通り、ゾーイをロサンゼルスに連れて帰ることだった。
第4話 「そして誰もいなくなった」 Games People Play
騒音の苦情を受けて出動したカーターは、そこでおかしな機械に頭をぶつけて以来、頭痛が収まらなくなる。保安官事務所に行くと、そこにいたはずのジョーがいきなり姿を消す。
ヘンリーに勧められてＭＲＩを受けるべく研究所に向かうが、そこでは辞職したはずのスタークがなぜか働いていた。
ジョーに続いてヘンリーもいなくなり、ひとりまたひとりとカーターの前から消えていく。
カーターはゾーイだけは守ろうと街から出ようとする。
第5話 「危険な科学コンテスト」 Duck Duck Goose
テスラ高校の科学コンテストの日。ユーリカとあって例年コンテストのレベルは異常に高く、誰もがその準備に余念がない。一方、カーターのジープに空から降ってきた何かが直撃する。ヘンリーによれば隕石である可能性があり、研究所でさらに調べると、それは宇宙から落ちてきたゴミだと思われる。その直後、金属製のトイレが空から降ってくる。
只の事故ではないと考えたカーターは科学コンテストに原因があると考え、高校を調べる。
第6話 「夢で会いましょう」 Noche de Suenos
カーターはジョギング中、トラックの横転事故に遭遇し、車体から流れ出た有毒物質にふれてしまう。すぐに毒は洗浄したが、その夜カーターは自分が真っ裸で街を歩くという変な夢を見る。
しかもゾーイやジョーなど、みんなが同じ夢を見ていた。また、トラックの運転手が亡くなる夢を大勢が見た直後、本当に運転手は亡くなってしまう。有毒物質が原因と見たカーターは、研究所で開発が進む、ある装置が現象に関与していると突き止める。
第7話 「50年後の目覚め」 Family Reunion
研究所の古い冷凍カプセルから生きている人間が見つかった。それはなんとファーゴの祖父ピエールで、彼は50年も冷凍保存されていた。
ピエールはプロポーズしたい女性こそいたが独身で、孫がいるはずはなかったが……。
一方、研究所ではピエールの弟子サンドロフが細胞再生の分野で活躍していたが、ピエールは彼に自分の理論を盗まれたと主張。
ピエールをカプセルに閉じ込めたのは誰か。やがてピエールの体は急激に老化を開始する。
第8話 「蔓延！ おバカ・ウィルス？」 E = MC…?
研究所にスカウトされた素粒子物理学の天才科学者ゼインは、コンピューターで不法アクセスして金をだまし取るなど悪党すれすれで、カーターは気に食わない。研究所では、ビッグバンを人工的に発生させて宇宙の起源を知ろうとする実験が準備されるが、失敗すれば研究所が吹き飛びかねない危険なもの。しかし実験が始まると、研究所の人々がおバカになるという異様な光景が。
カーターはビッグバンの装置が爆発しないよう事態収拾を急ぐ。
第9話 「透明人間」 Sight Unseen
父カーターがいない状態で初めて車を運転したゾーイ。車は何かにぶつかるが、何に当たったのかがさっぱり分からない。同じ頃、研究所では月の石が分子構造を変える不思議な現象が。
続いてクリーニング店で原因不明の爆発事故が発生。
店の防犯カメラは、姿こそ見えないが確実に誰かがいた様子を捉えていた。
犯人は透明人間なのか。カーターに問われたアリソンは、かつて研究所が物質を透明化する実験を行っていたことを認めるが……!?
第10話 「神よ、救いたまえ」 God Is In The Details
ゾーイなど街の少女たちが次々と声を出せなくなる異常事態が。原因は不明だ。続いて自宅でシャワーを浴びていたアリソンが突然倒れ、体が発光しだす怪事件が。
アリソンの体は弱っていき、命までも危うくなる。
これまで科学ばかりを信じ、神の存在を受け入れてこなかったユーリカの住民たちだが、一連の不吉な事件はどれも神の意志だという考えが広まる。カーターは教会の情熱的な牧師、ハーパーが事態に関与しているのではと疑う。
第11話 「モテすぎにご用心」 Maneater
ユーリカ中でエアコンのシステムが故障し、街は暑さに包まれる。そんな時、地下でシステムを管理しているストーン博士が消息を絶つ。
やがてカーターはいきなりジョーにキスされ、また、アリソンからも誘惑を受ける。
しかしカーターから引き離されるとジョーたちはすぐに理性を取り戻す。見つかったストーン博士も異常にフェロモンを放っており、その原因は地下で見つかった人骨とその周辺にあった粉塵とに何か関係があるようだった。
第12話 「錬金術の魔力」 All That Glitters
ユーリカの街の象徴であるピタゴラス像が急に金色に染まったことに始まり、街中の金属が金に変化していく。住民たちは金のおかげで裕福になれると夢見出すが、鉄筋が金に変われば建物が崩壊するなど問題も多い。
やがてピタゴラス像は一転して錆ついて腐りはじめてしまう。カーターはピタゴラス像を作った人物を調べる。
その頃、アリソンとスタークは街に連れ戻されたベバリーを尋問。物体Ａに関する秘密を聞き出そうとするが……!?
第13話 「それぞれの決断」 A Night at Global Dynamics（最終話）
アリソンとケヴィンを連れ去ったヘンリーは、研究所の地下の所長室に立てこもる。所長室に向かおうとするカーターとスタークだが、ウィルスが広がっていると警告されて所内に入ることを禁じられる。
ウィルスの被害が所外にまで及ぶなら所内は熱消毒され、アリソンたちの身は危なくなる。
一方、ヘンリーはテレポーテーション装置（ＳＲＴ）がある部屋へ行こうとアリソンに主張。
ヘンリーの真の目的はケヴィンを救うことだった……!?